Francesco Mario Agnoli ha svolto per oltre quarant’anni attività di magistrato e ha terminato la carriera come presidente di sezione nella Corte di Appello di Bologna. È stato componente del Consiglio Superiore della Magistratura nella consiliatura 1986-1990.
     Alla sua attività di magistrato e nel campo della dottrina giuridica (Il nuovo processo del lavoro, La legge quadro sulla caccia, Agriturismo, L’Europa fra diritti umani e ’68, Attacco alla famiglia, ecc.) ha accompagnato, a cominciare dal suo esordio in questo campo con un lavoro dedicato ad un personaggio a lui molto caro Andrea Hofer eroe cristiano (Res Editrice, Milano 1979), quella di storico interessato alle vicende della storia patria con particolare riguardo al periodo che va dalla violenta importazione in Italia dei principi della rivoluzione francese (1796) alla prima guerra mondiale. Al vaso di Pandora dell’immane conflitto ha di recente dedicato un saggio, incentrato sulla figura di Benedetto XV, pubblicato nel libro collettaneo Grande Guerra: le radici e gli sconfitti (Il Cerchio, Rimini 2015), così confermando la sua propensione a scegliere come compagni di strada per dare loro voce non i vincitori, ma, appunto, gli sconfitti (tale fu anche Benedetto XV).
     In questo quadro non vengono trascurati protagonisti più modesti, quelli da tutti dimenticati: i contadini e i piccoli artigiani, che fra fine XVIII secolo e inizio XIX presero le armi per opporsi all’invasione francese, assunti ad autentici protagonisti di libri come Gli Insorgenti (Reverdito, prima ed. Trento 1988) e Prospero Baschieri. Un eroe dell’Insorgenza padana (Tabula fati, Chieti 2002). Sconfitti anche il generale Giuseppe Lahoz (Giuseppe La Hoz, da generale giacobino a comandante degli insorgenti, Il Minotauro, Roma 2002, e Il giacobino pentito, Il Cerchio, Rimini 2009) e, sul lato opposto del fronte politico, i repubblicani e gli internazionalisti romagnoli, in lotta fra loro e col neonato Regno d’Italia (Gli accoltellatori, Longo, Ravenna 1981) e il giornalista Angelo Sommaruga, personaggio centrale, con la sua rivista “Cronache bizantine”, del libro Scristianizzare l’Italia. Potere Chiesa e Popolo, 1881-1885 (Il Cerchio, Rimini 1996).
     Le lotte del popolo meridionale (i cosiddetti “briganti”) costituiscono l’oggetto dei volumi 1799, la grande Insorgenza (Controcorrente, Napoli 1999), La conquista del Sud e il generale spagnolo José Borges (Di Giovanni, Milano 1993) e Dossier brigantaggio (Controcorrente, Napoli 2003), il primo riguardante gli anni dell’invasione francese, gli altri quelli della conquista “piemontese”. Da ultimo, in polemica con l’analogo libro dello storico Alessandro Barbero, La vera storia dei prigionieri dei Savoia (Il Cerchio, Rimini 2014).
     Per le vicende, in quello stesso periodo storico, della Repubblica di Venezia, si può parlare di un vero e proprio “ciclo veneto” composto da Le Pasque veronesi, I processi delle Pasque Veronesi, Napoleone e la fine di Venezia e dal romanzo storico, che immagina la trionfale resurrezione della Serenissima (dedicando però ampio spazio alle autentiche vicende del Congresso di Vienna) Il ritorno del Leone e, a chiusura, il libro collettaneo Veneto 1866 sul plebiscito che ne sancì l’annessione all’Italia, editi tutti da Il Cerchio. Con le Edizioni Solfanelli ha pubblicato Antigone contro la democrazia zapatera (2005), Mazzini (2007) e Atigone e i diritti dell'uomo (2017).